Tra i suoi compiti ci sono il monitoraggio e la valutazione delle prestazioni fornite dagli ospedali lombardi secondo criteri di efficienza, efficacia, qualità, appropriatezza ed economicità. Dovrà controllare le funzioni non tariffabili e le maggiorazioni tariffarie, già al centro degli scandali di Maugeri e San Raffaele, gli acquisti fatti da Arca per il sistema sanitario lombardo e, non ultimo, avrà il compito di raccogliere dati sui risultati di salute e sull'apprezzamento degli utenti. I suoi organi sono il direttore, nominato a inizio novembre dal presidente Maroni, e il comitato di direzione, composto da tre membri la cui designazione spetta ai capigruppo di opposizione, all'interno di una short list fornita dalla Giunta. Proprio su questa i gruppi di minoranza lanciano un allarme: "Sono trascorsi ormai quindici giorni da quando Maroni ha chiesto all'opposizione di nominare il comitato di direzione dell'Agenzia dei Controlli della sanità lombarda e ancora non è stato in grado di fornire la lista dei nominativi entro i quali siamo chiamati a compiere la scelta - scrivono in una nota Enrico Brambilla per il PD, Stefano Buffagni per il Movimento 5 Stelle e Lucia Castellano per il Patto Civico -. Attendiamo nel più breve tempo possibile la rosa dei nomi, ma Maroni sappia che sceglieremo persone di alto profilo e che non abbiano nessuna forma di conflitto di interesse, presente o passato, rispetto al sistema sanitario lombardo. Ci aspettiamo che la lista fornita dalla Giunta contenga nomi che rispondano a queste caratteristiche".
La preoccupazione, infatti, è che Maroni voglia fornire nomi di persone che ricoprono incarichi nelle strutture ospedaliere e sociosanitarie o nello stesso assessorato, visto che il bando a cui i candidati hanno risposto non è chiaro sulle incompatibilità e che i membri del comitato, seppure non vi sia ancora chiarezza al riguardo, non avranno un'indennità elevata (plausibile che sia di 15mila euro lordi all'anno). Il che significa che ricopriranno questo incarico non in esclusiva, ma come secondo lavoro. C'è quindi il rischio concreto che i "controllati" diventino controllori di sé stessi, e questo non va affatto bene.